La sede de San Isidro nació en el año 2002, con la designación de Belu Urien como rectora regional. Sin embargo, la primera actividad que se realizó para gente de San Isidro fue un año antes, a principios de junio de 2001. Aconteció ese mes el Emaús I de San Isidro, el primer retiro abierto que realizó Santa María de la Estrella desde su nacimiento. El desafío fue en enorme, y quienes lo organizaban debieron buscar, invitar y llamar a gente conocida, desconocida o apenas relacionada. Pero la gente se congregó y se logró el primer retiro abierto que el movimiento llevó a cabo.

Le siguieron muchos Emaúses abiertos más, y hoy en día la sede los organiza tanto para secundarios como universitarios, mayores de 25 y adultos. La sede cuenta además con la organización de tres misiones por año para universitarios y con dos misiones más para los chicos de secundaria. Hoy se hacen además Horas Santas mensuales y encuentros de perseverancia, llamados Maranathá.